Απομόνωση DNA: Πειραματικά αντιδραστήρια

Είστε τελειόφοιτος προπτυχιακός φοιτητής που ολοκληρώνει τη διπλωματική του εργασία στο εργαστήριο του Δρ. Δημητρίου. Η δραστηριότητα του Δρ. Δημητρίου επικεντρώνεται στη διερεύνηση των παθοφυσιολογικών μηχανισμών που συμβάλλουν στην ανάπτυξη της καρδιακής ανεπάρκειας. Η έρευνα αισιοδοξεί ότι οι γνώσεις αυτές θα παράσχουν νέους θεραπευτικούς στόχους. Η έρευνά σας επικεντρώνεται στη μελέτη του ρόλου της πρόσφατα ταυτοποιημένης πρωτεΐνης νοβελτίνη στην καρδιακή λειτουργία και δυσλειτουργία, χρησιμοποιώντας ένα διαγονιδιακό μοντέλο ποντικού. Η εργασία σας θα περιλαμβάνει συγκριτικά πειράματα με ομάδα ελέγχου ποντικιών, τα οποία υπερεκφράζουν το γονίδιο της νοβελτίνης.

Είναι πολύ σημαντικό τα ποντίκια που φέρουν το γονίδιο (πειραματική ομάδα) να ταυτοποιούνται κατάλληλα και να συγκρίνονται με ποντίκια με φυσιολογική έκφραση νοβελτίνης (ομάδα ελέγχου).  Ο επιβλέπων καθηγητής σας σας ζητά να απομονώσετε πρώτα DNA από τις ουρές των ποντικών και στη συνέχεια να πραγματοποιήσετε αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) για να προσδιορίσετε τον γονότυπο των ποντικών.

Αποφασίζετε να χρησιμοποιήσετε ένα κιτ καθαρισμού DNA (QIAGEN), το οποίο χρησιμοποιείται ευρέως στο εργαστήριο του επιβλέποντος σας.

Ιστοσελίδα: DNA purification kit (QIAGEN)

Μελετάτε τις οδηγίες του κατασκευαστή και διαπιστώνετε ότι χρησιμοποιούνται διάφορα αντιδραστήρια, όπως ρυθμιστικά διαλύματα λύσης, πρωτεϊνάση Κ, αιθανόλη, ρυθμιστικά διαλύματα έκπλυσης και ρυθμιστικό διάλυμα εκχύλισης. Ενώ τα βήματα περιγράφονται με σαφήνεια, δεν υπάρχουν πληροφορίες που να εξηγούν τον ρόλο του κάθε αντιδραστηρίου στο κιτ, οπότε το συζητάτε με τον επιβλέποντα και σας ρωτά ποιο αντιδραστήριο είναι κυρίως υπεύθυνο για τη μετουσίωση των πρωτεϊνών και την υποβοήθηση της διάσπασης των ιστών και των κυττάρων.