EcoRI

Eρρίκος: Όταν πρόκειται για το κόψιμο του DNA σε συγκεκριμένα σημεία αναγνώρισης, τα περιοριστικά ένζυμα είναι απαραίτητα. Είναι εξαιρετικά συγκεκριμένα και παράγουν προβλέψιμα μοτίβα θραυσμάτων, που είναι ακριβώς αυτό που χρειαζόμαστε για σύγκριση σε εγκληματολογικές αναλύσεις.

Πηγή: Canva

Εσείς: Πρέπει επίσης να λάβουμε υπόψη τον τύπο των άκρων που δημιουργεί το ένζυμο. Για εγκληματολογικές αναλύσεις, τα sticky ends μπορεί να είναι πλεονεκτικά, καθώς διευκολύνουν τα επόμενα βήματα, αν θελήσουμε να κάνουμε λιγέωση ή περαιτέρω χειρισμό των θραυσμάτων DNA.

Δρ Κρίνη: Και οι δύο τονίζετε πολύ καλά τις κρίσιμες παραμέτρους. Η ειδικότητα του ενζύμου και ο τύπος των κοπών που δημιουργεί είναι ζωτικής σημασίας. Ποια περιοριστικά ένζυμα είναι κοινώς χρησιμοποιούμενα στην περίπτωση μας;

Εσείς: Ένζυμα όπως το EcoRI και το HindIII χρησιμοποιούνται συχνά λόγω της καλά καταγεγραμμένης δραστηριότητάς τους και της ευκολίας με την οποία δημιουργούν σαφή και ερμηνεύσιμα μοτίβα θραυσμάτων. Αυτά τα ένζυμα μπορούν να μας βοηθήσουν να δημιουργήσουμε σαφή γενετικά προφίλ που είναι αναγκαία για τη σύγκριση DNA από τόπους εγκλήματος.

Eρρίκος: Και επίσης παράγουν sticky ends, που είναι ιδιαίτερα χρήσιμα γιατί διευκολύνουν τα βήματα κλωνοποίησης, αν χρειαστεί να ενισχύσουμε ή να αναλύσουμε περαιτέρω τα θραύσματα.

Δρ Κρίνη: Και οι δύο εντοπίσατε τα κύρια σημεία επιλογής ενζύμου για εγκληματολογική ανάλυση. Η σωστή επιλογή θα μας επιτρέψει να δημιουργήσουμε ακριβή και αξιόπιστα αποτελέσματα. Ας εφαρμόσουμε αυτές τις ιδέες στην υπόθεση μας σήμερα!

[Τα περιοριστικά ένζυμα ενδο-νουκλεάσης ονομάζονται ακολουθώντας μια συγκεκριμένη σύμβαση που αντανακλά την προέλευση και την ανακάλυψή τους. Το πρώτο γράμμα του ονόματος του ενζύμου προέρχεται από το γένος του βακτηρίου από το οποίο απομονώθηκε και είναι κεφαλαίο, ενώ τα επόμενα δύο γράμματα προέρχονται από το είδος του βακτηρίου και είναι μικρά. Για παράδειγμα, στο "EcoRI", το "Eco" προέρχεται από το Escherichia coli. Αν είναι απαραίτητο, μπορεί να προστεθεί ένα επιπλέον γράμμα ή αριθμός για να δηλώσει την συγκεκριμένη στελέχη του βακτηρίου. Στην περίπτωση του EcoRI, δεν περιλαμβάνεται ένδειξη στελέχους, αλλά θα μπορούσε να εμφανιστεί ως "EcoR", όπου το "R" μπορεί να υποδεικνύει ένα συγκεκριμένο στέλεχος. Ρωμαϊκοί αριθμοί χρησιμοποιούνται στο τέλος του ονόματος για να δείξουν τη σειρά με την οποία ανακαλύφθηκαν τα ένζυμα μέσα στο ίδιο είδος ή στέλεχος, με το "I" να υποδεικνύει το πρώτο περιοριστικό ένζυμο που ανακαλύφθηκε από το συγκεκριμένο στέλεχος βακτηρίου. Έτσι, το EcoRI δηλώνει το πρώτο περιοριστικό ένζυμο που απομονώθηκε από το Escherichia coli. Αυτή η τυποποιημένη ονοματολογία βοηθά στην κατηγοριοποίηση των περιοριστικών ενζύμων βάσει της βιολογικής τους προέλευσης και της σειράς ανακάλυψής τους.

• Η DNA λιγάση συνδέει τα νήματα του DNA, διευκολύνοντας τη δημιουργία φωσφοδιεστερικών δεσμών στον σκελετό του DNA. Αυτό είναι ιδιαίτερα σημαντικό κατά τη διάρκεια της αναπαραγωγής του DNA και στην διαδικασία μοριακής κλωνοποίησης, όπου τα θραύσματα DNA εισάγονται σε φορείς.
• Η αντίστροφη μεταγραφάση είναι ένα ένζυμο που παίζει βασικό ρόλο στη μετατροπή του RNA σε συμπληρωματικό DNA (cDNA). Χρησιμοποιείται ευρέως στη μοριακή βιολογία όταν εργαζόμαστε με πρότυπα RNA, ιδιαίτερα στη δημιουργία βιβλιοθηκών cDNA ή στην ενίσχυση ακολουθιών RNA χρησιμοποιώντας PCR αντίστροφης μεταγραφής.
• Η πολυμεράση Taq είναι ένα θερμοστατικό ένζυμο που χρησιμοποιείται για τη σύνθεση DNA κατά τη διάρκεια του PCR. Είναι υπεύθυνη για την ενίσχυση του DNA προσθέτοντας νουκλεοτίδια στο 3' άκρο μιας αλυσίδας DNA κατά τη διάρκεια επαναλαμβανόμενων θερμικών κύκλων.]